Topuzlu Han’da yapı malzemesi olarak sarı, pembe ve devetüyü renginde, oldukça düzgün kesme taşlar kullanılmıştır. Dört tarafında Selçukludan kalma eski ahşap kapılar yer almaktadır. Kapının etrafında taç şeklinde taştan süslemeye yer verilerek Selçuklu dönemindeki hanların taç kapılarına benzetilmeye çalışılmıştır. Dış kısmında yer alan taştan 4 adet kartal başı şeklindeki su tahliye sistemleri de görümünün daha dekoratif olmasını sağlamıştır.
Topuzlu Han’ın iç mimarisi yine tarihi güzelliklerden yola çıkılarak şekillendirilmiştir. İç mimaride İspanya’nın Granada şehrinde yer alan Endülüs Devleti zamanında yaptırılan El Hamra Sarayından esinlenerek gereken çalışmalar yapılmıştır. Tavan bölümü iççice üç kat ahşap doğrama şeklinde yapılmıştır. Bu her kata verilen kırmızı, mavi ve yeşil ışıklandırma Hanımıza Saray havasını katmaktadır. Tavan’ın göbek kısmı ise topuz şeklinde yapılarak Topuzlu Han’ın ismini aldığı nesne vurgulanmaya çalışılmıştır. Ayrıca, iç kısımda yer alan Selçukludan kalma topuz da Hanımızda sergilenmektedir ve bu topuz Hanımıza ismini vermiştir.